Desde la colonia, la fundación de ciudades que protegieran los pasos interoceánicos y las rutas comerciales, era fundamental para consolidar el monopolio de la soberanía marítima española. Tal fue el caso de, por ejemplo, Concepción, ciudad fundada el 5 de octubre de 1550 la que, fuera de representar un importante hito estratégico en el proceso de ocupación territorial del Reino de Chile, materializó la necesidad de construir un puerto en el sur del territorio y que permitiera mantener contacto marítimo con Perú.  

Sin embargo, hasta entrado el siglo XIX, los puertos nacionales no eran más que precarios embarcaderos que recibían el escaso movimiento mercante del territorio.

En 1811, la recién creada Junta Provisional dictó la primera ordenanza de aduanas que, entre otras materias, reglamentaba la carga y descarga de mercaderías en los puertos, constituyéndose en la primera forma de organización portuaria.

Con la independencia de Chile comenzó un proceso de apertura comercial e inserción a la economía mundial del país, lo que benefició particularmente a Valparaíso, puerto que desde 1830, se convirtió en el núcleo comercial de las costas del Pacífico, debido a que los barcos mercantes, luego de atravesar el Estrecho de Magallanes, recalaban en sus embarcaderos para almacenar y redistribuir sus mercancías. Al poco tiempo, esto permitió que diversas entidades e inmigrantes extranjeros se instalaran en la ciudad y generaran condiciones favorables para la actividad comercial.

Puerto de Valparaíso
Santiaguillo, fue el primer barco que recaló en la bahía de Valparaíso en el año 1536, bautizándolo como el puerto más importante de la zona central del país. La bahía al ser abierta permitía un régimen de vientos fácil no sólo para la recalada, sino que también para la salida de los veleros.
Sin embargo, pese a este “acto inaugural”, tuvo que pasar mucho tiempo para que se construyera alguna obra portuaria en Valparaíso, debido a que, hasta antes de la consolidación de la República, la actividad portuaria se limitaba al uso de embarcaciones que cargaban y descargaban directamente a carretas en la playa, en el sector donde hoy está ubicado el puerto.
Gracias a la apertura económica y el crecimiento del comercio marítimo tras la independencia, se hizo indispensable la modernización del puerto. En sus aguas se ensayó, en 1822, el primer buque a vapor que navegó en el Pacífico y frente a la aduana actual, el ingeniero naval Juan Duprat construyó los primeros diques de la costa.
En 1870 se le encargó al ingeniero John Hughes el diseño y construcción de un muelle al que pudieran atracar naves de altura. El sitio elegido era bastante protegido (actualmente el sitio N° 4 de Valparaíso) y fue la solución más directa al evidente problema de uso que presionaba al primer centro comercial de la República. Así, se inauguró el muelle Fiscal en 1883.
Valparaíso, al convertirse en la capital comercial y financiera del país, atrajo a grandes compañías internacionales e inmigrantes, quienes se dedicaron al comercio de importación y exportación, ya sea de forma independiente o como representantes de casas mercantiles extranjeras. De esta manera, la “Joya del Pacífico” se convirtió en el puerto estratégico de las comunicaciones ultramarinas entre Gran Bretaña, el Pacífico Oriental y el continente asiático. En la segunda mitad del siglo XIX fue habilitado como puerto de embarque por la compañía naviera española Serdio Hermanos, cuyo asiento estaba en el Callao. La Casa Serdio formó la flota más poderosa de veleros que navegó por la costa del Pacífico hasta San Francisco.
 
Roberto Hernández C.
Álbum Valparaíso panorámico: precedido de un resumen histórico de Valparaíso en el siglo de la Independencia. [Valparaíso : s.n.], 1924.

Juan de D. Ugarte Yávar
Valparaíso 1536-1910: recopilación histórica, comercial y social. Valparaíso: Impr. Minerva, 1910.

El comercio mercantil
Hasta mediados del siglo XIX, la capacidad naviera nacional era muy modesta y, pese a la expansión hacia los mercados de California y Australia, el cabotaje era una actividad menor y con altos riesgos, lo que la hacía muy poco atractiva para empresarios chilenos. Tampoco existía personal adecuado para las labores de mar y los cascos de la marina mercantil era antiguos y de mala calidad. Así, gran parte de los 218 buques que aparecen matriculados en Chile en 1854, eran de propiedad de comerciantes extranjeros avecindados en Valparaíso.
Contraria a esta realidad estaban las grandes navieras internacionales. La Pacific Steam Navigation Company era prácticamente dueña del comercio marítimo nacional con cincuenta barcos de 111.000 toneladas en 1875, mientras que la presencia de compañías como White Star (inglesa), Compagnie General Transatlantique (francesa) y la Kosmos (alemana) competían fuertemente por la carga y pasajeros.
En 1864, un grupo de comerciantes chilenos fundaron la Compañía Nacional de Vapores, la que en 1872 pasó a ser la Compañía Sudamericana de Vapores y se convirtió en la marina mercante nacional.
Pese a que el auge del salitre abrió grandes posibilidades para el cabotaje, el comercio mercantil se vio dramáticamente afectado por la crisis económica de la década del treinta, estando a punto de desaparecer varias veces. Recién en 1956, se tomaron medidas a través de la ley 12.041, que estableció la reserva para el transporte del 50% de la carga de importación y exportación a barcos nacionales, lo que impulsó nuevamente el desarrollo de las compañías navieras chilenas.

El puerto de Iquique
Iquique adquirió el 13 de noviembre de 1843, el estatus jurídico de Puerto Mayor lo que le permitió importar y exportar productos directamente, sin necesidad de ser gravados en Arica y obligó a las autoridades de la ciudad a disponer de un mayor número de funcionarios fiscalizadores, a abrir una caja recaudadora de contribuciones y a realizar nuevas obras de infraestructura, consolidándola como el eje del comercio salitrero.
Esto permitió que en 1928 se iniciaran obras para satisfacer la alta demanda del nitrato y responder a las exigencias que se presentaran en el futuro. Las obras, terminadas en 1932, dieron como resultado 1.140 metros de atracaderos.
Desde 1974, Iquique  pasó a ser capital de la región y a disfrutar a través de la Zona Franca (ZOFRI) las franquicias aduaneras que en el pasado impulsaron el progreso de Arica. La política de desarrollo vía Zona Franca implicó que la población de Iquique prácticamente se duplicara en poco más de una década.

Francisco Vidal Gormaz
Estudio sobre el puerto de Iquique. Santiago: Nacional, 1880. 25. p.
 

Puerto de San Antonio
El movimiento portuario en la zona, antes de la construcción de las obras de defensas de San Antonio en 1918, era mínimo. Sin embargo, la Junta Central de Puertos estableció la necesidad de construir un nuevo puerto en la zona central que se complementara con las funciones de Valparaíso.
Las obras se iniciaron en 1912 y en 1918, el nuevo puerto fue inaugurado. Sus instalaciones incluían un molo de abrigo de 1600 metros de largo, con tres sitios de tranque por su lado interior; un espigón con cuatro sitios de atraque y obras complementarias como las explanadas, bodegas y vías férreas. Esta nueva infraestructura permitió que la carga aumentara de 6.772 toneladas en 1915 a 135.001 en 1918. Con esto, San Antonio se posicionó rápidamente en uno de los principales puertos del país, lo que, debido a su carácter cerealero, se graficó en un explosivo crecimiento.

Alejandro Patillo Bergen
Desarrollo histórico de los puertos. En: Eduardo Cavieres, Comercio chileno y comerciantes ingleses 1820-1880, Valparaíso, Univ. Católica de Valparaíso, Instituto de Historia, 1988, pp.65-78.