Durante la Colonia, la educación fue una tarea encabezada prioritariamente por la Iglesia Católica y, en menor medida, por los cabildos. La primera y única universidad fundada en ese período fue la Real Universidad de San Felipe, en Santiago. La independencia de Chile, señaló la necesidad de formar un nuevo tipo de ciudadano, que fuese proclive a las ideas patrióticas y nacionales; entonces surgió el Instituto Nacional como modelo para la educación pública.

La Universidad de San Felipe, se transformó en la Universidad de Chile, inaugurada en 1843 y cuyo primer rector fue el sabio venezolano Andrés Bello. Durante el resto del siglo XIX, otros connotados intelectuales ocuparon este cargo, como Ignacio Domeyko, Diego Barros Arana y José Victorino Lastarria.

Durante los primeros años, la Universidad de Chile fue expandiendo sus planes de estudio y creando nuevas facultades, consolidándose como la principal institución de educación superior del país. La universidad fue nombrada Superintendencia de Educación, lo cual le otorgó un rol decisivo en la estructura de la educación chilena. La creación de la Universidad Católica, en 1888, no cambió esa privilegiada situación.

La formación de profesionales, aspecto ligado al surgimiento de la clase media urbana, significó a comienzos del siglo XX la aparición de un nuevo actor en la Universidad y el país: el estudiantado. En 1906 fue creada la Federación de Estudiantes de la Universidad de Chile, FECH, organización que tuvo una activa participación en los movimientos sociales de principios de siglo.

La universidad continuó su expansión durante las décadas siguientes, liderada por rectores como Juvenal Hernández y Juan Gómez Millas. Traspasó las fronteras capitalinas e inició un proceso de fundación de sedes provinciales, lo que significó su conformación como universidad nacional. Sin embargo, la burocratización, las crecientes demandas por una democratización en su estructura y las tendencias ideológicas de la década de 1960, hicieron que sus distintos estamentos, pero en especial los estudiantes, exigieran una reforma universitaria. A través de ella se buscaba, en líneas generales, una mayor dedicación a la investigación y a los problemas sociales, así como el cogobierno universitario.

La implementación de la reforma fue difícil, debido a las visiones opuestas sobre el rol de la sociedad, el Estado y la universidad. En verdad, tal hecho no hizo sino reflejar las profundas diferencias políticas existentes en el país, que alcanzaron su máxima expresión con el Golpe de Estado de 1973. Éste impuso la intervención militar en la institución, la disolución de la FECH y una contrarreforma que se repitió también en los otros centros de educación superior. La Universidad de Chile sufrió drásticos cambios en su estructura, perdiendo sus sedes provinciales y el Instituto Pedagógico.

Nuevos aires se vivieron a mediados de la década de 1980, con la democratización de la FECH y la defensa del patrimonio universitario. El retorno a la democracia, en 1990, permitió finalizar con el sistema de rectores delegados, meta ambicionada durante largos años por la comunidad universitaria. Desde entonces, la Universidad de Chile ha intentado continuar por su senda histórica, aquella que la sitúa como una institución de carácter público, laica y nacional.