La institución del gobernador introducida en América como una forma de administrar las nuevas tierras incorporadas para la Corona española, fue la figura más importante desde la Conquista hasta el proceso de Independencia. Su imagen simbólica continuó en la figura del presidente durante la República. El gobernador tuvo jurisdicción ordinaria plena, lo que significaba alta y baja justicia, mero y mixto imperio, y su principal labor fue la buena gobernación de la tierra, en nombre del rey. La lista de gobernadores chilenos es extensa. Pedro de Valdivia fue quien inauguró el primer Gobierno en la región, luego de cruzar desde el Perú en marzo de 1540 y fundar la ciudad de Santiago el 12 de febrero de 1541.

En 1557, tras la muerte de Valdivia (1553), fue nombrado gobernador de Chile García Hurtado de Mendoza, quien, luego de cumplir con este mandato, reemplazó a su padre como el nuevo virrey del Perú. La labor de los primeros gobernadores se centró en la tarea de enfrentar la resistencia aborigen, para lo cual las políticas públicas tuvieron un carácter militar estratégico de fundación de ciudades y control territorial, además de la administración económica de la población nativa y las reparticiones de las mercedes de tierras. Uno de los más importantes gobernadores de la época fue Alonso de Ribera, quien se vio enfrentado a las nuevas ideas de una guerra más bien defensiva, inspirada por el padre Luis de Valdivia, destinada a un mejor trato con los nativos.

Durante el siglo XVIII, con la dinastía borbónica en el trono español, los nuevos gobernadores trajeron consigo el revolucionario impulso de la ilustración europea, por lo que sus gobiernos se caracterizaron por ser más instruidos y competentes. Se les conoció como gobernadores ilustrados, y se destacaron, sobre todo, por su interés en las obras públicas y por iniciar un proceso masivo de fundación de ciudades a lo largo del territorio nacional. De este período data el Gobierno más prolongado de la historia de Chile, el de Gabriel Cano de Aponte, quien fue gobernador 15 años, 10 meses y 25 días. Por su parte José Antonio Manso de Velasco se destacó como fundador de varias ciudades de Chile. De los gobernantes ilustrados, sobresalió por sobre todos Ambrosio O'Higgins, marqués de Osorno, gobernador de Chile y Virrey del Perú, cuya tarea principal la dedicó a la realización de importantes obras públicas que heredamos hasta nuestros días, entre las que destacan el camino Santiago-Valparaíso, la construcción de los Tajamares del río Mapocho, la continuación de la Casa de Moneda, la restauración de la fachada de la Catedral de Santiago y la fundación de Illapel, Combarbalá, Vallenar, Santa Rosa de los Andes, San José de Maipo, Constitución, San Ambrosio de Linares y Santa Luisa de Parral.

A comienzos de 1800, las nuevas ideas emancipadoras, pusieron en tela de juicio el origen del poder y la autoridad emanada de la monarquía a través de los gobernantes designados por la Corona. El ciclo lo cerró el efímero gobierno provisional de Mateo de Toro Zambrano, quien asumió sin mayor discusión las peticiones de la junta gubernativa y, posteriormente, fue nombrado presidente perpetuo, hasta su muerte en 1811.