En la bahía de Iquique los primeros vestigios humanos se remontan a 4.000 años. Entonces, grupos nómades y semisedentarios llegaron al lugar aprovechando las hoy desaparecidas aguadas del sector y la diversidad de productos que ofrecía el mar. En 1556 se inició la explotación del mineral de plata de Huantajaya lo que convirtió a Iquique en puerto de desembarque de los trabajadores y productos que requirió la actividad minera. La plata, sin embargo, no se embarcó por Iquique, pues las Cajas Reales estuvieron situadas en Arica, lo que, sumado a la falta de agua, no incentivó el poblamiento del lugar, que en todo el período colonial no superó los 100 habitantes.

La fisonomía de la pequeña aldea cambió durante el siglo XIX con el llamado ciclo del salitre, que convirtió a Iquique en el eje del comercio del preciado nitrato. En 1843 fue reconocido como Puerto Mayor y en 1847 se estableció la diputación de comercio de la provincia de Tarapacá. Los privilegios concedidos al puerto y el crecimiento explosivo de las actividades salitreras se reflejaron en el progresivo aumento del número de habitantes y en el paulatino mejoramiento de la infraestructura y la arquitectura de la ciudad.

La Guerra del Pacífico y el inicio de la administración chilena, definió un espacio fronterizo que determinó el desarrollo urbano de Iquique, especialmente después de la decadencia del comercio del salitre hacia fines de la década de 1920. Ante el irremediable colapso de la industria salitrera y la urgente necesidad de afianzar la soberanía nacional en Tarapacá, el Estado chileno debió formular una serie de políticas especiales para el desenvolvimiento e integración de la región al territorio nacional. En este contexto, en el período que predominó la iniciativa estatal, Arica fue privilegiada con las políticas para el desarrollo, ante lo cual Iquique sufrió un período de estancamiento relativo.

A partir de 1974, la región comenzó a ser administrada bajo una lógica de defensa militar del territorio. Iquique pasó a ser la capital regional y a disfrutar de las franquicias aduaneras que en el pasado impulsaron el desarrollo de Arica. De este modo, se aseguró el crecimiento económico y la consolidación administrativa de un área alejada de una eventual zona de conflicto, que además poseía la ventaja de estar geográficamente protegida por tres profundas quebradas que dificultarían un potencial avance enemigo.

A partir de 1992, la creación de Zonas Francas en Tacna e Ilo, en Perú, y en La Paz y Oruro, en Bolivia, disminuyó la importancia de Iquique como puerto libre. No obstante, las inversiones mineras crearon un nuevo modo de ordenamiento del territorio regional a través del sistema de trabajo por turnos. Los trabajadores y empleados deben dejar a sus familias en la ciudad de Iquique durante los cuatro días que residen en el campamento minero. Esto permitió la emergencia y consolidación de nuevos barrios, supermercados, malls en el litoral costero y de poblaciones en Alto Hospicio y, al mismo tiempo, reforzó la gravitación urbana de Iquique.